iPhoneで一曲やアルバム単位で曲を消すならミュージックアプリからできますが設定からだと一括の削除も出来るので
iTunesのチェック入れた音楽とiPhoneの音楽の同期がうまくいかなかったので
iPhoneに入っている曲をiPhoneから一旦削除して再びiTunesで同期する方法
iPhoneから一旦音楽を消して再びiTunesと同期する手順
iPhoneから全曲が消えてしまうので操作は自己責任でお願いします。
ただしiTunesで購入したものは残りますし再びダウンロードして聞くことができます。
まずはパソコン操作、iTunesの同期設定を外す

警告がでますが消すので外します。
プレイリストも消えますがプレイリストも同期した際に戻ります。

次に操作はiPhoneに移ります
iPhoneの音楽削除手順です。
設定から一般へ

一般から使用状況へ

使用状況からミュージックへ

スワイプして削除をタップします。

これでiPhoneの音楽を一括で消去することができました。
再びパソコン操作、iTunesで同期させます。

チェックいれている曲のみ同期する場合は
こちらの概要の設定も確認ください。

同期をすればチェックの入れた曲が同期されています。
以上。
手順まとめ
[iTunesミュージック同期設定チェックはずす]>
[iPhoneの音楽をすべて消す]>
[iTunesミュージック同期設定にチェックを入れる]>
[iPhoneを同期する。]
です。